Il Comune di Jesi ha uno schema organizzativo generale capace di rispondere dinamicamente sia ai programmi e agli indirizzi di governo approvati dal Consiglio, sia ai progetti definiti dalla Giunta.
La struttura organizzativa attualmente in vigore è stata approvata con Delibera di Giunta Comunale n. 89 del 22/04/2016 e prevede le aree di seguito elencate:
A decorre dal 7 marzo 2012 è divenuta operativa l'Azienda Pubblica Servizi alla Persona (Azienda ASP Ambito 9) che si occupa della gestione di funzioni socio-assistenziali, socio-sanitarie e, più in generale, della gestione dei servizi alla persona a prevalente carattere sociale.